Многое в сюжете искажено и не раскрыто, но все же
«Действие происходит в недалёком будущем. После того как, на Землю упал метеорит, стали проявляться странные смерти — люди и животные просто падали на месте без видимой причины.
Вскоре стало известно, что причиной смертей являются фантомы, оказавшиеся на Земле вместе с метеоритом. Остатки человечества срочно эвакуировались на околоземную орбиту.
После долгих исследований в области энергетического обмена людям удалось разработать биотехнологии, основанные на энергии духа, помогающие противостоять призракам, и удалось оживить ограниченные районы нескольких городов мира — Нью-Йорка, Лондона, Парижа, Москвы. Они были закрыты энергетическими щитами, способными противостоять фантомам.
Вскоре было разработано и оружие, основанное на той же энергии. Дальнейшие разработки в этой области привели к тому, что учёные под руководством доктора Сида, основоположника технобиоэнергетики, предложили гипотезу, названную по имени древнегреческой богини земли Геи и состоящую в том, что планета обладает собственной душой, и души всех живых существ приходят из этого духа и возвращаются к нему, обогащая его своим опытом (Гипотеза Геи).
Очевидная часть сюжета состоит в противостоянии учёных и военных на фоне любви главных героев. Аки Росс, прекрасный учёный, была заражена инопланетным фантомом и только благодаря работам доктора Сида смогла выжить и продолжить разработку способа нейтрализации фантомов. Для этого необходимо собрать биоэнергетическую «волну» из восьми особых духов-источников, поисками которых она и занимается. Когда об этом узнал Совет Земли, главнокомандующий вооружёнными силами Земли генерал Хейн приказывает влюблённому в Аки капитану Грею Эдвардсу, командиру отряда Deep Eyes, следить за ней, а при первых признаках контроля фантомом её сознания — арестовать и доставить для дальнейшего «изучения».
Желая побудить Совет Земли к применению орбитального биоэнергетического орудия «Зевс», генерал Хейн решился на отчаянный поступок и ослабил на время защиту одного из секторов Нью-Йорка. Но никто не был готов к тому, что фантомы сумеют пробраться к центру управления энергией по энерговоду и вывести его из строя. Включить защиту снова не удалось, и город в считанные минуты был уничтожен фантомами. Пытаясь выбраться из города вместе с учёными на их космическом челноке, погибают все члены отряда Deep Eyes, кроме Грея.
Доктор Сид расширяет район поисков последнего восьмого духа, включив логово фантомов — кратер, куда упал осколок планеты фантомов, так как до сих пор его не искали лишь там. Обнаружив восьмого духа и придя к выводу, что восьмой дух — фантом, Сид и Аки голосуют за спуск в логово фантомов. Несмотря на мнение Грэя, что это «билет в один конец», он сопровождает Аки. Но в это время Хейн включает «Зевс» и уничтожает восьмого духа.
Выстрелы «Зевса» пробуждают дремлющий дух чужой планеты, его ожившие «щупальца» ударяют по подвесному аппарату, в котором находятся Аки и Грэй, и отрывают его от корабля. Они оказываются в глубине кратера и в провале обнаруживают Гею, подтвердив теорию доктора Сида. Затем Аки получает нового восьмого духа (он сам находит её; вопрос о том, откуда взялся этот новый восьмой дух является краеугольным камнем неочевидной части сюжета фильма, которую, увы, не замечает подавляющее большинство зрителей).
Аки и Грею удаётся вывести завершённую волну против фантомов на защитный экран подвесного аппарата, и все чудища вокруг начинают рассыпаться в сияющую пыль, но в этот момент одержимый уничтожением фантомов генерал Хейн снова открывает огонь из пушки «Зевс» по кратеру. Подвесной аппарат Аки и Грея падает ещё глубже и разбивается, станция «Зевс» также разрушается от перегрузки реактора.
Дух чужой планеты через дыру в земле, пробитую пушкой «Зевс», сползает к Гее и начинает поглощать её. Раненый Грей жертвует собой, передавая через себя собранную Аки смертельную для фантомов волну в их средоточие.
Несчастные души призраков наконец-то гибнут, Земля свободна, Гея спасена. Аки Росс с телом Грея поднимается на поверхность в рассвет.
Высоко в небесах над ледяными пустошами парит орёл — ждавший, пока на Землю вернётся жизнь…»